Ya había pasado demasiado tiempo de inactividad para la escuadra chilena, cuando recibió la orden de bloquear el puerto peruano del Callao.
Esta vez el bloqueo no seria pacifico; las instrucciones eran claras, se debía destruir y bombardear cualquier embarcación peruana apostada en el lugar y haciendo entrar las lanchas torpederas al puerto para evitar la huida de las embarcaciones enemigas. Todas estas actitudes, no hacían mas que mostrar la falta de capacidad del gobierno chileno para lograr la paz por medios más pacíficos.
Los buques encargados de tal acción eran el Blanco Encalada, Pilcomayo, Huascar, Angamos, Matías Cousiño, y las torpederas Janaqueo y Guacolda.
Al amanecer del día 9 de abril de 1880 entraba el Huascar al Callao escoltando a las lanchas torpederas chilenas, con la misión de destruir a los buques peruanos Atahualpa y La Unión que se encontraban en el lugar. El Huascar y la Guacolda calcularon mal el tiempo de reunión, dejando sola a la Janaqueo. Su capitán, el teniente Goñi, en vez de esperar a sus compañeros, se lanzo solo a cumplir el plan, pasando entre buques neutrales hasta llegar frente a la Unión. El capitán chileno, convencido de que cumpliría con su misión, dio la orden de lanzar el primer torpedo contra el buque peruano. Lamentablemente para sus pretensiones, no contaba con la suspicacia del comandante Villavicencio de la embarcación peruana, el cual hizo rodear su embarcación con una red que hizo chocar el torpedo sin causar ningún daño a su embarcación, previniendo así, cualquier ataque inesperado.
El 10 de abril fue notificado el bloqueo por el almirante chileno Galvarino Riveros, dando tiempo así a los neutrales a tomar las provisiones del caso.
El 22 de abril, se efectúa el primer bombardeo sobre el Callao, realizado por el Huáscar, Pilcomayo y Angamos, quienes se ensañaron con la Dársela y los fuertes, pero por la distancia, causando muy poco daño. Los ataques fueron repetidos en numerosas ocasiones, sin lograr algo realmente importante para la escuadra chilena.
El bloqueo al Callao, se prolongó por alrededor de 9 meses.